在另一个平行历史中，二战结束后日本被“怪人”一族暗中统治，人类沦为二等公民。政府高官实际是能变身的怪人贵族，通过媒体将假面骑士描绘成恐怖分子。主角南光太郎失去记忆，在一家废弃游乐园当清洁工，偶尔会失控变成黑色蝗虫怪人。一名来自贫民窟的少女偶然拍到他变身的过程，并将视频传到地下反抗组织。随着少女和组织的追查，真相浮出水面：南光太郎就是三十年前那位几乎推翻怪人统治的“假面骑士黑日”，他最终大战时被洗脑，并在敌人控制下亲手杀死了自己的战友。如今重获记忆的他，必须在继续当人类的守护者，还是接受自己曾是人类最大背叛者之间，做出终极抉择。
本作完全颠覆了传统儿童向假面骑士的套路，用沉重的冷战美学和种族隔离设定，讲述了一个英雄如何面对自己污点过去的故事。打斗场面的疼痛感极强，结局光太郎选择自裁谢罪，令人久久无法平静。
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